Amer Kapetanović radi kao diplomata 25 godina. Nakon skoro deset godina rada u novinarstvu za različite bosanskohercegovačke i međunarodne medije, 1999. godine pridružio se Ministarstvu vanjskih poslova Bosne i Hercegovine kao glasnogovornik. Tokom svoje diplomatske karijere u MVP-u, Kapetanović je obavljao sljedeće visoke diplomatske funkcije:
• Šef Odjela za analize i planiranje, Ministarstvo vanjskih poslova Bosne i Hercegovine (2002-2005): Koordinisanje strateškog planiranja u MVP-u, Predsjedništvu i Odboru za vanjske poslove Parlamenta BiH;
• Zamjenik ambasadora i otpravnik poslova u Ambasadi Bosne i Hercegovine u Berlinu (2005-2010): Kapetanović je skoro dvije godine bio zadužen za najveću diplomatsku misiju Bosne i Hercegovine u inostranstvu, koja je uključivala ambasadu u Berlinu i tri konzulata u Frankfurtu, Stuttgartu i Minhenu;
• Šef Odjela za EU, Ministarstvo vanjskih poslova Bosne i Hercegovine (2010-2012): Kapetanović je bio odgovoran za upravljanje, koordinaciju i nadgledanje strateške političke komunikacije s Evropskom unijom, te održavanje redovnog političkog dijaloga s institucijama EU i ostalim institucijama Bosne i Hercegovine u vezi sa članstvom u EU i implementacijom Sporazuma o stabilizaciji i pridruživanju (SSP);
• Pomoćnik ministra za bilateralne poslove i ekonomsku diplomatiju, Ministarstvo vanjskih poslova Bosne i Hercegovine (2012-2017), jedna od najviših pozicija državnih službenika u diplomatiji BiH: Njegove dužnosti uključivale su nadzor nad radom 40 ambasada u inostranstvu, nadgledanje osoblja od 30 diplomata u sjedištu; održavanje redovne političke komunikacije s inostranim vladama i ambasadama akreditiranim u Bosni i Hercegovini (i rezidentnim i nerezidentnim); koordinaciju portfelja ekonomske diplomatije kroz upravljanje i nadzor rada specijalne Jedinice za ekonomsku diplomatiju; te saradnju s Predsjedništvom i Parlamentom u svim pitanjima relevantnim za bilateralne odnose BiH s drugim zemljama.
Godine 2017. napušta Ministarstvo vanjskih poslova BiH i pridružuje se Vijeću za regionalnu saradnju (RCC) kao šef Političkog odjela, gdje je šest godina bio zadužen za implementaciju političkog portfelja, pravosuđa, unutrašnjih poslova i sigurnosti, te održavanje političke komunikacije s visokim predstavnicima 26 vlada.
Dana 13. juna 2024. godine, ministri vanjskih poslova 13 učesnica Procesa saradnje u jugoistočnoj Evropi (SEECP) jednoglasno su imenovali gospodina Kapetanovića za četvrtog generalnog sekretara Vijeća za regionalnu saradnju, odluka koja je kasnije potvrđena od strane predsjednika 13 učesnica i zvanično prihvaćena od strane Upravnog odbora RCC-a, koji se sastoji od 26 vlada i EU.
Od 2011. do 2014. godine Kapetanović je bio predsjednik Upravnog odbora Filmskog fonda Bosne i Hercegovine, upravljajući fondom koji je finansijski podržavao razvoj kinematografije Bosne i Hercegovine, čime je doprinio filmskoj industriji. Također je bio jedan od osnivača Inicijative za vanjsku politiku (FPI).
Kapetanović je autor dvije knjige i urednik desetina publikacija i članaka, među kojima su:
- Hronika izgubljenog stoljeća, Izdavačka kuća Vrijeme, Zenica, novembar 2023.
- Naslijeđe mira: Bosna i Hercegovina 20 godina nakon Dejtonskog mirovnog sporazuma, FES, 2015.
- Vanjska politika BiH – Između izazova i slabosti, Buybook, Sarajevo, 2005.
Kapetanović je diplomirao političke nauke i međunarodne odnose na Univerzitetu u Sarajevu. Također je završio program diplomatske obuke pri Ministarstvu vanjskih poslova SAD-a i program boravka na Univerzitetu Queen Mary u Londonu, Velika Britanija.
Oženjen je Tatjanom Kapetanović i ima dvije kćerke, Lanu i Juli.